Die ersten Gegner der Hexenverfolgung traten am Anfang des 16.Jhd. auf. Zu ihnen zählten beispielsweise der florentiner Rechtsgelehrte Giovanni Francesco Ponzinibius. Ihm wurde aber keine Beachtung geschenkt, daher geschah ihm auch kein Leid. Jedoch Cornelius Aggripa von Nettesheim wurde 1531 auf Grund seines Werkes "De occulta philosophia" ein Jahr im Kerker eingesperrt.
Cornelius Loos verfasste ein sehr aufgeklärtes Buch über die erlebte Hexenverfolgung von Trier. Er wurde in einem Kloster inhaftiert und starb während der Gefangenschaft. Auch Dietrich Flade, der sich gegen den Hexenwahn richtete, wurde 1589 hingerichtet.
Im 17.Jhd. versuchten besonders die Jesuiten die Hexenverfolgung zu mäßigen. Besonders taten sich Martin Delrio und Friedrich von Spee hervor. Ihr Vorbild und Vorläufer war der Jesuite Adam Tamer. Adam Tamer galt als Autorität im Gebiet der Moraltheologie. Er war für die Hexenverfolgung, aber er wollte die richterliche Gewalt einschränken und den Inquisitionsprozess beenden.
Friedrich von Spee, als Verfasser der "Cautio Criminalis" und als Beichtvater vom zum Tode verurteilten Hexen, war gegen die Tatsache, dass die Verfolger sich immer auf die Heilige Schrift beriefen. Er war mehr für christliche Nächstenliebe und die Hirtenpflichten gegenüber den Verfolgten. Zitat: "Recht und Unrecht sollten nicht am Buchstaben der Bibel gemessen werden, sondern am Geist des Christentums". Er führte in seinem Werk "recta ratio" einige Mißstände an, z.B dass Richter Leute aus finanziellen Gründen verurteilen. Die "Cautio Criminalis" wurde später vom evangelischen Theologen Mathäus Mayfart frei bearbeitet, und so wurde auch das Interesse daran im evangelischen Glaubenskreis immer stärker.
Die Aufklärer richteten sich nicht nur gegen den politischen Absolutismus sondern auch gegen religiöse Intoleranz. Die Naturwissenschaften machten während dieser Zeit große Fortschritte und konnten nun einige Erscheinungen erklären. Am Ende des 17. Jahrhunderts nahmen die Zahlen der Hexenprozesse zwar stetig ab, aber sie währten noch bis ins 18. Jahrhundert hinein.
Maria Theresia ordnete 1766 an, dass in den österreichischen Erblanden kein Prozeß wegen Hexerei oder Zauberei mehr angestrebt werden dürfte, denn für sie war Hexerei nur Betrug, Wahnwitz, Vorstellungen und Sinnesentrückung.
Auch die Hexenprozesse außerhalb Österreichs nahmen ständig ab, aber noch 1792 fand in Polen eine nachgewiesene Hexenverbrennung statt.