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Alfred Kubin wurde am 10. April 1877 in Leitmeritz, einer Stadt in Nordböhmen, geboren. Sein Vater, Friedrich Franz Kubin, war nach seinem Dienst als Offizier der k. u. k. Armee Obergeometer im Staatsdienst. Seine Mutter war die Pianistin Johanna Jenny geb. Kletzl, eine kunstsinnige Frau, von der Kubin wohl das Musische geerbt hat. 1882 übersiedelten die Eltern nach Zell am See.
Kubin war schon als Kind nichts so verhaßt wie äußerer Zwang. Er wollte ein unbekümmertes Leben führen und stieß dabei immer wieder auf den Widerstand der Erwachsenen. Die Schulstunden wollten ihm gar nicht vergehen, der Lehrer gewann jedoch bald sein Vertrauen.
Märchenbücher hatte Kubin am liebsten. Mit fünf Jahren begann er mit Stiften und Farben ungezählte Blätter zu bezeichnen. Er hatte immer einen Hang zur Übertreibung und zu Phantastereien: eine Kuh mit vier Hörnern war ihm viel lieber als die mit zwei. Dementsprechend waren auch seine Kinderzeichnungen beschaffen. Sie wimmelten von Zauberern, schrecklichem Viezeug, kurz der ganze spätere Kubin war schon im Keime darin enthalten.
Zehn jahre war Kubin alt, als seine Mutter starb. Sie war der erste Mensch, den er sterben sah. Ihr Tod hat sich tief ins Kindesgemüt eingeprägt und beendete die Jahre seiner Kindheit. Kubin wurde nach Salzburg ans Gymnasium geschickt. In der zweiten Klasse fiel er durch und kam wieder zurück nach Zell am See. Mit vierzehn Jahren gab ihn sein Vater an die Staatsgewerbeschule nach Salzburg, um ihn für das Baufach ausbilden zu lassen.
Nach anfänglichen Erfolgen versagte er auch hier. Mit fünfzehn Jahren nahm ihn der Schwager des Vaters, ein Photograph in Klagenfurt, als Praktikanten auf. Kubin war ganze Nächte außer Haus. Auf die Dauer bekamen ihm die durchbummelten Nächte gesundheitlich schlecht, er fühlte sich immer elender. Lebensunlust überfiel ihn und er wollte seinem verpfuschten Leben ein Ende machen. Mit einem billigen Revolver in der Tasche fuhr er nach Zell am See, um sich am Grab seiner Mutter zu erschießen. Es kam jedoch nicht so weit; am Grab seiner Mutter erlitt er einen Nervenzusammenbruch.
In der Folge wollte er freiwillig in den Militärdienst eintreten. Nach kurzer zeit wurde er wegen seines Nervenzustandes ins Spital eingeliefert und nachs einer Genesung entlassen. Mit zwanzig Jahren kam er zurück ins Elternhaus, wo er in der ihm lieben und vertrauten Natur vollkommen genas.
Über Wunsch des Vaters ging Kubin auf die Akademie in die Zeichenklasse des Professors Gysis. Die streng akademische Malerei sagte ihm aber nie zu. Seine skurrilen, spukhaften Einfälle forderten einen neuen künstlerischen Ausdruck.
Im Münchner Kupferstichkabinett lernt er Klingers Radierungen kennen. Hier sah er eine Kunst, die seinen Vorstellungen entsprach, und er gelobte sich, sein Leben dem Schaffen solcher Dinge zu weihen. Er begann, ganze Reihen von spukhaften Tuschzeichnungen zu gestalten. Er lernet Goya, de Croux, Munch, Ensor, Redon kennen.